如果已经通过检查明确是由于支原体或者衣原体感染所导致的尿路感染，在检查当中应该已经写明了比较敏感的抗生素种类。一般治疗支原体和衣原体感染主要选用四环素类抗生素或者大环内酯类的抗生素效果较好。临床上建议使用多西环素100mg口服，每天两次治疗，治疗时间应该在两周左右。

在治疗周期结束后要复查尿常规，取部分尿道分泌物再做支原体、衣原体的培养，看尿常规中白细胞是否转移以及培养结果中是否还有支原体或者衣原体的感染情况。在服用抗生素治疗的同时应该禁止性生活，因为支原体或者衣原体有可能通过性接触传播，夫妻双方的交叉感染会导致炎症的迁延不愈。