脑血栓有很多后遗症，根据急性期受损部位不同而表现有所不同。如果影响患者感觉系统，还会出现肢体麻木、感觉减退，这种麻木和感觉的减退往往比肢体无力恢复更慢。部分患者影响语言中枢，会出现语言的障碍，吐字不清，甚至无法说话。

如果血栓侵犯大脑皮层，患者还有可能会出现癫痫样发作，这类患者要长期服用抗癫痫药。还有比较常见的后遗症是头晕、头痛、失眠或者注意力不集中、耳鸣、记忆力减退等，尤其是侵犯小脑脑干的患者，头晕会持续很久。如果大面积的梗死，患者后期还会出现精神障碍和智力障碍等。