头核磁主要用于检查脑血管疾病比如中枢神经系统感染性疾病，比如脑炎，还有脑出血、蛛网膜下腔出血，如果患者为脑寄生虫感染时，也可以进行颅脑核磁检查。另外颅脑核磁检查也可用于检查颅内大血管狭窄以及狭窄的程度。如果为小血管的病变，一般情况下进行检查DSA或者头颈CTA等。另外也可以用颅脑外伤、颅脑肿瘤的检查。

颅脑核磁检查包括平扫和增强扫描。如果是平扫，一般主要有脑炎、颅脑外伤和脑血管疾病的检查，增强扫描临床上一般应用于颅脑肿瘤患者的检查。如果患者进行检查头颅核磁时，需要体内无金属性的东西。