对于巧克力囊肿，在临床上建议尽快给予手术治疗，不然随着囊肿的增大可能会造成破裂，这样囊液会流到盆腔当中，引起比较严重的后果，所以要尽早给予手术治疗，并且其在术后可能会复发，也要定期复查，必要的时候还需要再用药给予相应的治疗，预防复发的可能性。

对于子宫腺肌症，根据病人的情况，如果已经接近于围绝经期，可以保守治疗。如果在来月经的时候出现疼痛或者月经量增多，可以给予相应的对症处理。如果是在生育年龄的女性，还计划怀孕，可以在宫内放左炔诺孕酮宫内释放系统进行治疗，并且要定期检查节育环的位置，因为上了左炔诺孕酮宫内释放系统之后可能会引起闭经，所以要定期复查。