用微波治疗妇科炎症的危害有以下几个方面：

第一、可能对女性的正常的组织或者器官产生损伤，因为微波是一种射线，而且有穿透能力，微波有可能穿透正常组织、器官的皮肤黏膜，杀伤或者破坏正常组织细胞的生理以及代谢过程，使正常的组织器官、功能异常或者功能丧失。

第二、会对女性的免疫系统造成不良影响，因为微波具有辐射和一定的热量。辐射和热量可能破坏女性的免疫系统，比方杀伤T淋巴细胞、B细胞，导致女性的免疫力下降，这也是比较明显的危害。