男性支原体、衣原体的检查在医院有多种方法，主要有X线检查、酶标免疫反应和快速抗原检测等，方法很多视具体情况选择。

酶标免疫反应是应用在支原体、衣原体检查中最为广泛的方法，具有检测快速、过程简单、成本低和能多组同时进行的优点，作为首选的检查方法。X线检查也是各大医院所具备的基本检查方法，根据通过区别正常人与支原体、衣原体患者的肺部胸片来做诊断，患者肺炎胸片表现为两侧的广泛间质且肺泡过度充气、肿胀。快速的抗原检测也是一种操作简单、特异性好，结果明显的检测方法，是在临床中监测应用比较多的方法。