肾囊肿发生的原因目前还不是十分清楚，病因比较复杂，一般认为可能与以下因素有关：

1、先天发育不良；

2、基因突变：可能在胚胎形成的过程中，由于各种因素的作用，使基因发生突变而形成肾囊肿；

3、感染：可能与上呼吸道感染、尿路感染、胃肠道感染等有关，但不论是细菌感染还是病毒感染，都可能会对肾囊肿产生一定影响；

4、毒素：常见的毒素比如农药、某些化学制剂，尤其是具有一定肾毒性的药物等；

5、饮食：不良的饮食习惯也可能在肾囊肿的发生、发展、变化过程中起到一定作用。