子宫腺肌症会出现继发性进行性加重的痛经，就是来月经会肚子痛。大部分女性疼痛的时间是月经前的2-3天和月经后的2-3天，大概1周的时间是最痛的。有个别的女性在月经前1-2周会疼痛，有的月经后也会疼痛。这种痛经多见于深部的子宫内膜异位症，即DIE。可能有内源病灶，有的内源病灶侵蚀到肠壁，甚至是腹膜。病灶可能侵蚀到腹膜的神经，造成月经后也会有一些疼痛，但这种比较少见。

有些病灶甚至会植入阴道壁，还有后穹隆，女性在性生活的时候会有性交痛，但是这种症状比较少见。大部分患者是月经前和月经期1周左右疼痛比较明显，而且疼痛越来越重，往往需要药物治疗，甚至打针治疗。