如果患有卵巢巧克力囊肿的患者已经怀孕，只能定期复查、随诊观察，但这是指卵巢巧克力囊肿比较小的情况。如果在早孕期就发现卵巢巧克力囊肿，而且小于5cm，没有什么症状，可以随诊观察，定期复查就可以。

但是如果卵巢囊肿已经大于5cm，并且有相关的症状，比如肚子有轻微的疼痛，就不建议观察，建议在怀孕的14-16周，在坐胎比较稳定、没有先兆流产的迹象的情况下，做腹腔镜下的卵巢囊肿切除术，可以有效的避免在怀孕的中后期子宫增大压迫囊肿，导致破裂或者蒂扭转。