咳嗽眼睛疼可能是感冒、角膜炎、结膜炎等疾病引起，具体情况需要根据患者的临床表现和相关检查来确定，在专业医生的指导下对症治疗。

1、感冒：通常是由于致病微生物感染所致，可能会导致剧烈咳嗽，咳嗽时眼房内压力不断增高，可出现眼睛痛，并伴有高热、头痛、乏力等症状。患者可在医生的指导下针对性服用磷酸奥司他韦、阿莫西林、盐酸氨溴索等药物进行治疗；

2、角膜炎：多是由于角膜的防御能力减弱，外界或内源性致病因素侵袭角膜组织所致，通常表现为眼痛、畏光、流泪、眼睑痉挛等不良症状，可能会出现咳嗽眼睛疼的情况。患者可遵医嘱使用头孢地尼、妥布霉素等药物进行治疗，还可应用氟康唑滴眼液进行治疗；

3、结膜炎：表现为眼部有异物感、烧灼感、眼睑沉重、分泌物增多，可能会导致咳嗽眼睛疼的状况。患者可在医生的指导下使用更昔洛韦滴眼液、左氧氟沙星滴眼液等药物进行治疗。