由于盐酸氨基葡萄糖胶囊含有氯离子，氯离子对于消化道有一定的刺激，长期的服用可以导致胃肠道的不适，甚至有腹泻的发生，还可以出现肝功的损伤。所以在服用这种药物时，要注意观察自己的消化道症状以及复查肝功。如果出现腹泻，要立即停止这种药物的口服，同时要口服治疗腹泻的药物，比如思密达以及奥美拉唑。同时要注意清淡饮食，避免胃部着凉，因为这样可以加重腹泻。

在腹泻治疗痊愈之后，可以换用硫酸氨基葡萄糖胶囊来进行口服，这样也可以起到治疗骨性关节炎，营养软骨的作用。硫酸氨基葡萄胶囊不含有氯离子，它对于胃肠道没有刺激，所以可以安全的口服。