鱼精蛋白最主要的作用是用于止血，可以作用于因肝素应用过量而导致的出血，或其他因素引起的自发性出血，例如大量的呕血、咯血等情况。对于心血管手术、体外循环或通过连续性血液净化，如血液透析、血浆交换过程中应用肝素者，在结束治疗时可以应用鱼精蛋白中合体内残余的肝素。

但是对于鱼精蛋白的使用，会出现不同程度的不良反应，例如应用速度过快时会导致心动过缓、胸闷、低血压、呼吸困难、颜面潮红。对于浆蛋白层过敏的患者，不适合应用鱼精蛋白，进行肝素的综合治疗。如果应用于心脏手术外，体循环所致的血小板减少，可以因注射大量鱼精蛋白后血小板减少而加重。