肾囊肿的位置和大小和是否手术相关。如果在肾盂出口旁对肾盂输尿管连接部有压迫建议尽早手术。如果是外向生长，一般是直径大于4cm的时候才需要进行手术治疗。

如果囊肿直径小于4cm是不需要处理的；如果囊肿大于4cm，增大以后会压迫肾实质，造成肾功能的损害或者出现一些临床的症状，常见的临床症状是腰痛、高血压、感染，这时候就需要进行手术治疗了。

手术有两种手术的方法，一种就是超声引导穿刺但容易复发。另一种是现在比较常用的经腹腹腔镜，是囊肿的去顶减压术，来治疗比较大、有症状的肾囊肿。