治疗生殖器疱疹比较有效的药物，分为抗病毒药物、对症治疗的药物以及其它辅助药物。抗病毒药物又分为口服和外用，口服的常有泛昔洛韦、伐昔洛韦、阿昔洛韦等，按照疗程服用即可。局部可以使用喷昔洛韦乳膏进行外涂，辅助治疗疱疹。对症治疗的药物主要是止痛为主，疱疹少数人会出现比较明显的疼痛，可以使用布洛芬或者洛芬待因来口服止痛，疼痛比较严重时也可以使用加巴喷丁，这是一种比较强效的镇痛药物。

辅助用药常用于疱疹合并细菌感染或者霉菌感染的时候，常用的有美多信、百多邦、匹得邦、达维邦，抗真菌感染的有咪康唑或者克霉唑乳膏。生殖器疱疹主要由性接触传播，有少部分人是间接传染，因此其配偶或者性伴侣应该同期进行检查，如果也有疱疹，应该同时进行治疗，以免双方互相反复发生交叉感染。