腰穿之后发生头痛，主要还是跟腰穿造成脑脊液减少或脑脊液漏，低颅压所致。治疗要进行卧床休息，去枕平卧，或太高床尾，大量快速静脉输注生理盐水，来快速使脑脊液达到平衡。

最主要的进行腰穿的时候熟练操作，切不可进行多次的反复，这样容易造成硬膜多次部位穿破，容易发生并发症。还要进行无菌操作，减少感染的几率，更能够有利于保证不是因为腰穿感染而造成头痛，如果是因为腰穿感染造成脑膜炎刺激症状，治疗起来非常困难。