少阳经头痛属于六经辨证的一种，属性多是实症和热症多见，所以临床上用的中药主要就是清利肝胆湿热的药物比较多，加入少阳经的引经药常见的柴胡、黄芩、川芎，这三种都是少阳经的引经药来治疗头痛，根据患者的辨证分型选择不同的治法。
少阳经头痛可以辨证为少阳瘀热、瘀火的证型，患者除了有头痛外，会出现眩晕、口干、口苦、舌质红、苔薄黄。治疗上主要就是小柴胡汤去掉半夏和人参，加上清利肝胆湿热、镇肝熄风的药物，加钩藤、天麻、僵蚕这一类的药物。如果辨证为少阳气瘀，患者会表现为头窜痛，游走不定，痛一般都在两侧的颞部，患者的舌苔会表现淡红、苔薄白，脉弦或者弦细，治法主要就是和解少阳，使用的就是柴胡桂枝汤。
而如果辨证为少阳热解气瘀导致，患者头痛的性质以胀痛明显，尤其是太阳穴，伴有心烦、口苦、大便不通的症状，治法上要疏解少阳、畅达气机，用的方剂是大柴胡汤。
