肺动脉血栓栓塞的病因主要是下肢静脉血栓、盆腔静脉血栓形成。静脉血栓形成的主要原因是静脉血液瘀滞、血管损伤，以及血液流变学的改变、血液黏稠度增高。

形成下肢静脉血栓的常见的危险因素有病人长期卧床、外伤、手术，口服避孕药、血液凝血因子，以及肿瘤等。化验指标存在异常的一些病人，包括遗传性疾病、免疫系统性疾病，红斑狼疮、类风湿关节炎等，都容易形成血液动力学的改变，造成下肢静脉血栓的形成，从而导致肺动脉血栓栓塞。