打乙肝疫苗三个月了还有硬块可能由于本身因素、感染及疫苗对人体的刺激等情况导致，具体情况分析如下。
1、本身因素：通常疫苗注射的部位需要进行选择，但是如果选择的时候忽略了本身注射位置就有局部皮肤增生或皮下占位性病变，那么患者打乙肝疫苗三个月这种结节仍然会存在。有可能为皮肤增生、皮脂腺囊肿、纤维瘤、脂肪瘤等，此时可以进行超声检查明确诊断，对于此类情况可以进行手术切除。这种情况并不是疫苗造成的影响，患者不必担心；
2、感染：由于患者免疫力低下或疫苗注射消毒不规范、局部异物存留可能会造成注射部位的感染，可能急性发作会缓慢迁延发作，主要与患者的体质有关。所以打乙肝疫苗三个月了还有硬块需要考虑慢性感染的可能性，患者局部皮肤一般会伴有明显的红、肿、触痛等。此时建议患者将局部进行酒精消毒，红霉素软膏外涂，同时配合使用头孢类抗生素改善，部分患者形成脓肿还可以进行手术切开引流；
3、疫苗对于人体的刺激：正常乙肝疫苗中内含有辅助成分，比如氢氧化铝，部分患者可能对其较为敏感，注射后吸收缓慢，局部会因此产生硬块，并且可能伴有一定的疼痛感，通常可能在1个月左右的时间吸收，个别患者会延长到三个月左右的时间。此时可以继续观察，一般都可以自然缓解，患者应该注意不要对局部硬块进行刺激，等待缓慢恢复。部分患者会出现感染、化脓等情况，通常需要进行头孢类抗生素抗感染治疗，甚至局部切开引流。此时对于局部的硬块需要到医院进行超声检查明确，局部可以使用热敷等促进恢复。