灌肠主要用于治疗便秘，一般要求患者灌肠液输注进去以后保留一段时间，可以躺10-20分钟，但多数患者一般坚持不住，如果患者不能坚持10-20分钟，一般则建议患者至少躺着保留5分钟，以使肠道内灌进去的液体充分与大便混合，使大便稀释，容易排出，因此灌肠最好尽量可以憋住，让灌进去的液体能够充分在肠道里起到润滑作用，以使大便能够尽量多地排出体外。
如果患者短时间内无法憋住，可以让家属或陪床的人用卫生纸将患者的肛门堵住，使患者臀部稍微垫高一些，以尽量延长患者体内灌肠液的保持时间，并帮助液体和大便充分稀释，以使患者排出粪便更加顺畅。假如患者坚持的时间实在太短，灌肠之后的效果并不明显，一般可以过3-4个小时再进行灌肠。
灌肠除了可以用来治疗慢性便秘以外，还可以用来治疗慢性盆腔炎以及子宫、输卵管不通等疾病的患者，此时一般主要是通过中药液进行保留灌肠，将部分有清热、消炎、活血化瘀的中药从肛门灌到直肠内，使药物可以直达盆腔的病灶。一般要求患者保留的时间为20-30分钟，保留时间越长，药物作用于局部病灶的时间越长。
