不建议儿童做胃镜，主要是因为儿童年龄比较小，做胃镜时可能会不配合，比较容易哭吵，医生操作起来比较困难。即使儿童是在全麻的情况下，也容易造成损伤。
虽然说近年来有适合儿童尺寸的胃镜，且儿童做胃镜时进行全身麻醉，在一定程度上避免了操作困难的情况。但是由于胃部管腔比较小，儿童又比较容易出现腹胀，在操作过程中风险仍比较大。另外由于儿童黏膜比较薄弱，容易造成局部黏膜损伤，甚至有可能导致胃食管反流，引起消化道内的内容物反流到呼吸道，从而可能会引起误吸，严重者可能会引起肺部感染，甚至危及生命。
所以儿童一般不建议做胃镜，而且儿童胃部的恶性病变也比较少，大多数是胃炎、消化道溃疡，或者胃食管反流，一般通过使用胃黏膜保护剂，或者抗幽门螺杆菌治疗即可改善。如果是需要通过检查明确诊断的疾病，如胃食管反流、胃膈疝、胃扭转等疾病，也可以使用上消化道造影进行替代检查。