脑炎经过初期、极期，就进入恢复期，此时患者体温逐渐下降，神经系统症状逐渐好转，神经系统病理征逐渐消失，一般病人于1-2月内完全恢复正常，但重型患者需要1-6月才能恢复，在这6个月内可能出现持续低热、多汗、失眠、乏力、肢体瘫痪、肢体痉挛性屈曲、失语、流涎、痴呆、吞咽困难、肢体不自主抖动、癫痫发作等。

经过积极治疗，大多数都能恢复，如果6个月后仍有上述情况症状，就属于脑炎后遗症。