小孩吞口水有咕咚声可能是机体发育不完善、吞咽大量空气引起的，也可能是食道发育异常、咽喉炎、支气管炎等原因导致，可能会影响正常的吞咽功能，还需要及时进行检查，在专业医生的指导下进行针对性治疗。

1、机体发育不完善：小孩在出生之后，神经系统和吞咽功能发育不是特别完善，在吞口水的过程中可能会出现有咕咚的声音。通常属于正常现象，不需要进行特殊治疗，还需要多喝水。

2、吞咽大量空气：如果小孩在吞口水的时候吞入大量空气，也会伴有咕咚的声音，属于正常情况，无需治疗。

3、食道发育异常：先天性食道发育不良可能导致食道弯曲度比较高，影响正常的吞咽功能，还会在吞口水或者是吞咽食物的时候发出咕咚声。需要及时进行食道镜检查、X线片检查来判断病情，在医生指导下通过咽喉手术修复的方法治疗，有利于恢复正常。

4、咽喉炎：咽喉部位出现慢性炎症感染或者进食辛辣食物之后，可能会出现咽喉黏膜水肿或者是狭窄，小孩吞口水时就可能出现咕咚声。此时需要遵医嘱口服阿莫西林颗粒、蓝芩口服液治疗，用药期间还需要适当吃流质的食物。

5、支气管炎：支气管出现炎症后会出现支气管狭窄，还会引起呼吸异常，刺激咽喉部位，也可导致小孩吞口水有咕咚声。此时需要在医生指导下服用利巴韦林颗粒治疗，用药期间还要定时复查。

除以上原因外，如果小孩存在胃食管反流病、结核病等，也可能会诱发此种情况，建议积极前往小儿耳鼻喉科就诊治疗。