感冒眼睛不舒服有可能是感冒本身症状，也可能是感冒后休息不好引起的。另外部分患者本身存在屈光不正，感冒期间可能会出现不适，也有可能是过敏或继发眼部疾病等原因所致。建议及时就医，明确疾病性质，并遵医嘱治疗。

1、感冒本身症状：感冒多由病毒感染上呼吸道引起，此时病毒可造成鼻咽喉等部位黏膜充血水肿，病毒亦会侵犯鼻泪管，导致分泌物增多，出现流眼泪、眼睛不舒服的现象，多伴有鼻塞、流鼻涕、打喷嚏等上呼吸道卡他症状。此时可以多喝温开水，口服复方氨酚烷胺片、感冒灵颗粒等药物治疗，随着感冒病情的缓解，一般眼睛不舒服的现象也可以减轻或消失。

2、休息不好：感冒时患者因出现相关的感冒症状，可导致睡眠质量欠佳，休息不好，因此可能会有眼睛及周围出现酸胀刺痛感、用眼疲劳，有时还会伴有眼睛干涩不舒服等症状。应注意休息，避免劳累，积极治疗感冒缓解相关症状。

3、本身存在屈光不正：如果患者自身存在近视、远视、散光等屈光不正的情况，感冒后眼睛流泪、分泌物增多，会加重不适感。建议适当休息眼睛，避免过度用眼，治疗感冒的同时也可以对眼睛进行热敷、穴位按揉，减轻不适。

4、过敏：感冒期间抵抗力降低，如果本身属于易过敏体质，眼部接触过敏原后可出现过敏反应，包括眼睛瘙痒、红肿、起红疹等症状。建议遵医嘱选择妥布霉素地塞米松滴眼液、氯雷他定片等药物治疗。

5、继发眼部疾病：眼睛和鼻腔相通，感冒时因病毒或细菌刺激，炎症可能会通过鼻泪管扩散到眼睛，引起急性结膜炎，出现眼结膜充血水肿，有时可引起眼睛局部瘙痒、刺痛感、分泌物增多等现象。此时要前往眼科进一步诊治，如病毒性结膜炎使用更昔洛韦滴眼液，细菌性结膜炎予以诺氟沙星滴眼液等治疗。

综上所述，感冒患者需要配合医生积极治疗感冒，另外还要注意用眼，避免过于疲劳。