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鼻拭子抗原检测阴性，而咽拭子阳性可能是因操作不当、检测试剂不达标等因素引起，也可能是因体内病毒量少引起，出现此情况时应做鼻咽拭子复核。
1、操作不当、取样方法不对：鼻拭子抗原检测现在广泛用于有自主抗原检测需求人员、密集场所的人员及居家老年人和养老机构中的老年人之中。操作规范中需要进行两侧鼻孔采集，如果操作者只采集了一侧，可能因病毒量少出现鼻拭子假阴性结果，也可能是因检测卡未放置在平坦、清洁环境中，检测时间不够等因素引起假阴性结果；
2、检测试剂不达标：多见于检测试剂超过有效期，检测拭子被污染等，都可影响检测的结果，可出现无效数据或假阴性结果；
3、鼻腔内病毒量少：由于鼻拭子抗原检测没有病毒扩增的步骤，只是通过追踪病毒抗原，即是否有核衣壳蛋白或刺突蛋白存在，判断是否有病毒感染。感染早期，排毒量少，体内病毒量相对较少，容易漏检，出现假阴性结果。
当鼻拭子抗原阴性而咽拭子阳性结果时，首要措施是立即做好相应的隔离、防护措施，避免造成外溢，然后进行专业的鼻咽拭子即核酸检测，可明确诊断是否发生了感染。
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