如果存在药物适应证，藿香正气胶囊和连花清瘟胶囊一般可以一起吃，但建议在医生的指导下正确用药，避免盲目使用，导致药不对症，或者是用药剂量过量。

藿香正气胶囊属于一种中成药，主要由广藿香、白术(炒)、厚朴(姜制)、法半夏、紫苏叶、白芷、陈皮、茯苓、桔梗、甘草、大枣、大腹皮、生姜组成，具有解表化湿、理气和中的功效。其主要用于外感风寒、内伤湿滞、头痛昏重、胸隔痞闷、脘腹胀痛、呕吐泄泻等病症的治疗。

连花清瘟胶囊主要由连翘、金银花、炙麻黄、炒苦杏仁、石膏、板蓝根、绵马贯众、鱼腥草、广藿香、大黄、红景天、薄荷脑、甘草组成，可以清瘟解毒、宣肺泄热。其用于治疗流行性感冒属热毒袭肺证，可以改善发热或高热、恶寒、肌肉酸痛、鼻塞流涕、咳嗽、头痛、咽干咽痛，以及舌质偏红，苔黄或黄腻等症状。

服用藿香正气胶囊或是连花清瘟胶囊胶囊期间，不宜同时服用滋补性的中成药，而藿香正气胶囊、连花清瘟胶囊都不属于滋补性的中成药，两种药物成分之间也通常不会产生相互反应。因此如果患者有藿香正气胶囊、连花清瘟胶囊的用药适应证，可以在医生指导下一起吃，不会影响药物的治疗效果。

需要注意的是，如果患者对藿香正气胶囊、连花清瘟胶囊两种药物或者是其中一种药物成分过敏，此时不能同时服药，应避免服用过敏的药物。如果服药三天后症状未改善，或出现吐泻明显的情况，并有其他严重症状时，此时应停止用药，并及时前往医院普通内科就诊，可以进行血常规、视诊等检查，以明确具体情况。