治疗肠道念珠菌感染的药物有氟康唑胶囊、伊曲康唑胶囊、制霉菌素片等，具有抗真菌的作用。肠道念珠菌感染主要会引起肠功能失调，可以采用改善肠胃神经功能的药物治疗，缓解不适症状。

1、氟康唑胶囊：主要是通过抑制真菌细胞外角固醇的生物合成，起到抗真菌作用，对于大多数种类的念珠菌都具有一定抗菌作用，但可能会引起皮疹、腹泻等不良反应。

2、伊曲康唑胶囊：主要是通过破坏真菌细胞膜中相关物质的合成，从而起到干扰真菌合成的功效，对皮肤癣菌、念珠菌属、着色真菌属都有一定杀灭效果，但可能会引起腹痛、腹泻，还有一定的心脏毒性。

3、制霉菌素片：可与真菌细胞膜上的结构结合，导致真菌内外渗透压改变而死亡，对于念珠菌属抗菌活性高，因此可用于治疗肠道念珠菌感染，对于毛霉菌、皮肤癣菌也有一定杀伤作用，肝肾毒性较小，但可能会引起恶心、呕吐的情况。

除此之外，也可使用硝呋太尔制霉素阴道软胶囊等药物，建议患者先到医院消化科就诊，完善肠镜、血常规等检查明确诊断，遵医嘱选择用药。