卵巢囊肿微创手术一般能做干净，但是部分囊肿，比如巧克力囊肿，术后有可能会复发。因此，在手术之后要定期复查，平时也要注意伤口的恢复情况，避免出现感染。

卵巢囊肿微创手术虽然不如开腹手术直接，但是所有器械进入腹腔、盆腔之内，再通过大屏幕反射，有助于医生了解腹腔内的情况，所以多数病灶能彻底清除。

巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，主要是由于异位的子宫内膜在卵巢内生长而形成的囊肿。术后虽然可能将囊肿切除，但是如果具有活性的细胞不能完全切干净，随着时间推移，又会在月经来潮时出现出血，从而导致疾病复发，主要是疾病本身有关，而且巧克力囊肿有恶变的可能，比如会恶变为卵巢子宫内膜样癌和透明细胞癌。

如果巧克力囊肿患者年龄在45岁以上，并且症状较重，经保守手术或药物治疗无效，可以进行根治性手术，将子宫、双附件切除，此时可减少术后几率复发。