目前国际上共有六大类，三十多种药物可以治疗艾滋病，分别是核苷类反转录酶抑制剂、非核苷类反转录酶抑制剂、蛋白酶抑制剂、整合酶抑制剂、融合酶抑制剂以及CCR5抑制剂。

抗病毒治疗目前主张采用多种抗病毒治疗药物联合治疗，高效联合抗反转录病毒治疗又称鸡尾酒疗法。目前常用的药物有替诺福韦、阿巴卡韦、拉米夫定、恩曲他滨、丙酚替诺福韦、齐多夫定、依非韦伦、拉替拉韦、多替拉韦、奈韦拉平、利匹韦林，抗病毒药物因为需要长期应用，所以在应用期间有时可能会出现一定的副反应。

一般核苷类抗病毒药物副反应相对较少，其中替诺福韦长期应用时会有一定的肾毒性副反应以及钙磷代谢障碍的副反应，所以在应用期间应该定期进行肾功能检查；齐多夫定会有骨髓抑制的副反应；依非韦伦比较容易出现神经系统的副反应症状，如嗜睡或者是失眠等；奈韦拉平比较容易出现皮疹。一般副反应不严重时不需要特殊治疗，如果是严重的副反应不能耐受时，可以调整用药。

目前在全球范围内还缺乏根治HIV感染的有效药物，现阶段治疗的目标就是最大限度地和持久地抑制患者体内的病毒复制，使患者获得免疫功能重建，并维持免疫功能，同时降低HIV病毒感染以及非艾滋病相关疾病的发病率。