复方黄连素片是中西药复方制剂，此药在医生的指导下合理使用比较安全，患者普遍耐受性良好，不良反应较少。少数患者服用后可能会引起恶心、呕吐、腹胀、消化不良等胃肠道反应。出现胃肠道不良反应的患者或者平时脾胃功能较弱的患者可以饭后服用，能有效地降低消化系统不良反应的发生率。极个别的患者还可能会出现过敏反应，包括局部的皮肤发红、瘙痒、皮疹，类似荨麻疹一样的改变。对此药过敏者禁用，过敏体质的患者慎用。

复方黄连素片含有盐酸小檗碱，可能会引起溶血性的贫血以致黄疸，溶血性贫血的患者禁用，遗传6-磷酸葡萄糖脱氢酶缺乏的儿童应禁用，妊娠期前三个月慎用。含鞣质的中药与盐酸小檗碱合用后，由于鞣酸是生物碱沉淀剂，两者结合会生成难溶性的鞣酸盐沉淀，降低疗效。因此，如果正在服用其他药物，为防止药物相互作用影响治疗，请使用前咨询专业人士。