PET核磁和PET-CT都是核医学技术发展下的产物，二者之间也有一定区别。

PET核磁的专长在于软组织的对比度比较好，这就使PET核磁对于血管和软组织疾病更加敏感。混合PET核磁成像可以提高动脉粥样硬化斑块和血管生成，或者干细胞疗法的评价表证。PET-CT检查在中枢神经系统疾病、骨科感染、炎症性疾病的诊断，以及在评价和跟踪转移性疾病方面具有一定的效能。临床上主要用于良恶性肿瘤的鉴别诊断、肿瘤的分期、再分期以及全身情况的评估，以及可以用来评价各种治疗手段，治疗前后的疗效变化，还有对肿瘤的转移性病灶进行全身的监测。

此外，PET-CT评价的结果临床接受度会更高，因为PET-CT检查作为诊断手段，在出现了10年之后，PET核磁才被临床应用，所以PET核磁在临床应用方面目前还没有得到广泛的关注。