并不能说Septin9基因甲基化阳性就是得了癌症，虽然Septin9基因甲基化是筛查大肠癌的一种特殊的生物标记。但是单凭这个基因的甲基化状态，不能够确定得了肠癌或者是排除肠癌。肠癌的最终诊断还是需要依靠取病变的组织做病理学的检查，才能够获得金标准的诊断。Septin9基因的甲基化可以发现一些没有临床症状的早期肠癌。

有研究发现，血液Septin9基因甲基化检测总体的灵敏度可以达到76%，而特异性可以达到95%左右。对不同时期和不同阶段的结直肠癌病人，检测的灵敏度可以达到60%到90%，并且不受结直肠肿瘤发生部位的影响。所以，检测Septin9基因的甲基化对于筛查结直肠癌具有一定的临床价值。

随着基因检测技术的不断发展，Septin9基因甲基化可能会成为筛查早期癌症的一个重要的手段。当结合肠镜检查以及病理学检查的时候，会对结直肠癌的发生和发展有更精确的判断。