细菌性痢疾的主要病变部位在直肠、乙状结肠，细菌性痢疾是由志贺菌引起的肠道传染病，志贺菌进入人体后是否发病取决于3个要素，即细菌数量、致病力和人体抵抗力，志贺菌进入消化道后大部分被胃酸杀死，少数进入下消化道的细菌也可因正常菌群的拮抗作用、肠道分泌型IgA的阻断作用而不能致病。致病力强的志贺菌，即使10-100个细菌进入人体也可引起发病。

当人体抵抗力下降时少量细菌也可致病，志贺菌经口进入，穿过胃酸屏障后，侵袭和生长在结肠黏膜上皮细胞，经基底膜进入固有层，并在其中繁殖释放毒素，引起炎症反应和小血管循环障碍。炎性介质的释放使志贺菌进一步侵入并加重炎症反应，导致肠黏膜炎症坏死和溃疡，由黏液、细胞碎屑、中性粒细胞渗出液和血液形成黏液脓血便，志贺菌释放的内毒素入血后还可以引起发热和毒血症，并可通过释放各种血管活性物质，引起急性微循环衰竭，进而进入感染性休克，以及重要脏器功能衰竭，临床表现为中毒性菌痢。