单侧肾脏萎缩如何处理，需要根据先天性情况来进行判断。单侧肾脏萎缩分为先天性的肾脏萎缩以及后天性的单侧肾脏萎缩。

先天性的单侧肾脏萎缩是由于在胎儿发育过程中不良造成的，这个时候对侧肾脏可以代偿性增大，血中的肌酐、尿素氮以及其他的生化指标和身体健康都在健康范围之内，不需要特别的处理，只需要定期做体检即可。如果单侧肾脏萎缩是由于后天性因素造成的，又可以分为外伤性的或者炎症性的、感染性的，例如结核性的或者某些疾病造成的。外伤造成一侧肾脏的萎缩，对侧的肾脏会起到代偿功能，血液中的肌酐可能没有变化，这个时候只需要定期复查，不需要服用任何药物。疾病造成的常见的感染就是结核，可以造成单侧肾脏萎缩，对侧肾脏也可能受到感染，就需要进行抗结核的治疗，抗结核的治疗可能需要时间比较久，大约6到9个月，或者更长的时间。如果一些疾病，例如动脉粥样硬化或者血管炎造成的肾脏萎缩，可引起对侧肾脏同样存在病变，这个时候不但要对肾脏萎缩的部分进行治疗，还需要对侧肾脏进行观察，例如动脉粥样硬化可以服用一些降脂的药物以及抗血栓类的药物。例如血管炎可以服用免疫抑制剂，特别是糖皮质激素来进行治疗，防止发生双侧肾脏同时出现不同程度地萎缩。