怀孕45天的时候做药物流产和人工流产都是可以的，但是做药物流产要符合一定的条件才能进行。

药物流产一般建议是在停经49天以内，并且胎囊在超声下的检查直径＜2cm。所以如果停经45天，但是胎囊较大，也建议进行人工流产手术。另外就是药物流产是需要有一定的条件的，如果病人有使用药物流产的药物相关的过敏史，或者有相关的禁忌证的情况下，是不能采用药物流产的。药物流产的禁忌证主要是针对米非司酮和米索前列醇这两种药物，如果病人既往患有肝脏疾病或者有肝肾功能的异常，则不可以使用米非司酮，也就是不能进行药物流产，只能进行人工流产。如果病人有哮喘、青光眼或者是其它前列腺素药物的过敏史，这样的情况下就不能使用米索前列醇，也同样不可以进行药物流产，需要进行人工流产手术。再有就是药物流产的成功率相对人工流产是相对较低的，药物流产的成功率大约是80%-90。所以选择药物流产的女性，要做好药物流产失败的准备。如果药物流产失败，还需要再进行人工流产或是清宫手术来进一步采取处理措施。

所以选择药物流产，还是人工流产，每个人因人而异。药物流产在医院观察的时间会相对较长一点，因为第二种药物服用以后建议在医院观察6小时。而之后如果是反复出血或者胚胎没有能够完整排出，还需要再次到医院就诊。而人工流产手术则成功率较高，大多数在手术后只需要2周之后进行超声复查就可以了。