碱性磷酸酶升高在临床上可见于疾病因素，也可以见于非疾病因素。

疾病因素主要见于肝胆系统的疾病，其次是骨骼疾病，非疾病因素主要见于骨骼生长期的儿童及青少年。在骨骼发育期时，碱性磷酸酶可以高于正常值2-3倍，在进食高脂肪餐之后，也可以出现一过性的碱性磷酸酶升高。妊娠期的妇女，碱性磷酸酶也会有不同程度的升高。碱性磷酸酶不是单一的一种酶，而是一组同工酶，目前发现有六种同工酶，其中第一、二、六种是来自肝脏，而且它是一种经肝脏向胆外排泄的一种酶，所以当肝胆系统疾病史，如肝外胆管阻塞、肝癌、肝硬化、毛细胆管型的肝炎等，碱性磷酸酶都会升高。

碱性磷酸酶与黄疸的关系密切，通常会随着黄疸的加重而升高。第三种是来自骨骼细胞，因此一些骨骼疾病时，碱性磷酸酶也会升高，如佝偻病、软骨病、骨骼性肿瘤、恶性肿瘤骨转移。第四种产生于胎盘及癌细胞，这也是肝癌患者碱性磷酸酶升高的重要原因之一。