艾滋病的主要病理变化包括免疫系统的病理变化、机会性感染的病理变化以及恶性肿瘤的病理变化。免疫系统的病理变化包括HPV相关性的淋巴结病、脾脏淋巴细胞的高度耗竭，儿童患者可见胸腺过早退化，和晚期患者骨髓细胞减少等，晚期淋巴细胞几乎消失殆尽，仅有巨噬细胞和浆细胞残留。

机会性感染的病理变化表现为感染范围广泛，可累及多个器官，其中以中枢神经系统、肺、消化道受累最为常见。由于严重的免疫缺陷，感染所致的反应往往轻而不典型，如肺部结核菌感染时，很少形成典型的结核性肉芽肿病，多数患者可以反复感染卡氏肺孢子菌。在艾滋病因为机会性感染而死亡的病例当中，约一半以上死于卡氏肺孢子菌感染，还可以出现弓形虫感染或者是新型隐球菌感染所致的脑炎或者是脑膜炎，恶性肿瘤约30%的患者可以发生卡波西肉瘤。