自身免疫性肝病是不能完全治愈的，其发病是由于遗传易感性为主要因素，病毒感染、药物和环境因素是促发因素，包括自身免疫性肝炎、原发性胆汁性胆管炎和原发性硬化性胆管炎。
自身免疫性肝炎预后差异比较大，在获得生化指标恢复，一般预后较好，10年总体生存率约为80%-93%。根据病情可选择免疫抑制剂治疗，如甲泼尼龙片。原发性胆汁性胆管炎的患者需要口服熊去氧胆酸，有症状者平均生存期约为10-15年，出现食管-胃底静脉曲张者，3年生存期仅为60%。
预后不佳的因素包括熊去氧胆酸无应答、老年血清总胆红素进行性升高、肝脏的合成功能下降，以及组织学改变持续进展。原发性硬化性胆管炎有症状的病人，6年后合并肝衰竭、胆管癌的可达到41%。肝移植可增加5年生存率，但是10年后20%-25%的病人可能复发。
自身免疫性肝病是机体对肝细胞产生自身抗体以及T细胞介导的自身免疫应答的疾病，不容易治愈，多数病人需用药来维持。
