口服部分胃药对于检查幽门螺杆菌是有一定的影响的。比如抗生素，如阿莫西林、克拉霉素、左氧氟沙星，呋喃唑酮、甲硝唑等药物，铋剂，如枸橼酸铋钾、胶体果胶铋，质子泵抑制剂，如奥美拉唑、兰索拉唑、泮托拉唑、雷贝拉唑或者埃索美拉唑，这些胃药对检查幽门螺杆菌有一定的影响，会使结果出现假阴性，在检查前提前1个月尽量停用上述以上几种药物。
另外，还有某些中药，比如黄连，也可能会影响到幽门螺杆菌的检测，导致假阴性的结果。如果有上消化道出血的患者，会使幽门螺杆菌受到抑制，所以在出血停止后5-7天才能进行幽门螺杆菌的检测。
还有部分患者，如胃切除，可能会使胶囊从胃中快速地排空，从而也会影响到检测结果，针对以上情况要注意权衡和避免。另外在服用胶囊时要整粒服下，不要咬碎，不要打开壳吞服。如果要做碳十四实验，还要尽量避免备孕、孕妇以及哺乳期、儿童进行此项检查，可以选择C13呼气试验。
