我国在上世纪70年代、80年代和90年代初期应用的是乙肝灭活疫苗，从没有过乙肝减毒疫苗。目前临床上应用的都是基因工程疫苗，我国应用的乙肝疫苗目前分为两种，重组中国仓鼠卵巢细胞的乙肝疫苗，简称CHO疫苗，另外一种是重组酵母乙肝疫苗。
从两种疫苗的保护率和副作用来比较，两者无差别，两种疫苗按常规剂量全程接种后，人群保护率均在90%以上，也就是无论接种哪款疫苗，接种第三针后，90%以上的人群都会产生高滴度且持久的保护性抗体，而且平均保护期长达30年。值得注意的是，新生儿接种乙肝疫苗越早越好，最好在出生后2h内接种。乙肝孕妇所分娩的新生儿需要接种乙肝疫苗，重组酵母只需10μg，重组中国仓鼠卵巢细胞则需要20μg，不是常规剂量的10μg。但是乙肝孕妇也不必担心，目前临床上母婴阻断方法已经被所有的医疗机构应用多年，产科医师也能熟练掌握不同乙肝疫苗的临床应用。
