晨起咳嗽有痰最常见的原因是呼吸系统感染性的疾病，比如病毒、细菌、支原体、衣原体等病原微生物感染呼吸系统，而引起的感冒、急性咽炎、急性气管支气管炎、肺部感染、慢支急性加重、慢阻肺急性加重、支气管扩张伴有肺部感染，或者是间质性肺病伴有肺部感染等，还可以见于慢性呼吸系统疾病，比如慢性支气管炎、慢性阻塞性肺疾病、支气管扩张、间质性肺病等，都可以见到晨起咳嗽、有痰的症状。如果是急性呼吸系统感染性疾病，要根据引起的不同原因进行治疗。

1、病毒感染：可以给予抗病毒的药物，或者是中医中药辨证治疗。

2、细菌感染：可以给予抗生素抗感染治疗，常用的有青霉素类的阿莫西林、头孢菌素类的头孢呋辛、大环内酯类的阿奇霉素，或者大于18岁的患者也可以用喹诺酮类抗生素，比如莫西沙星等进行抗感染治疗。

3、呼吸系统慢性疾病：可以采用中医中药辨证治疗，比如咳嗽咳白黏痰，且痰比较多，伴有胸闷、食欲不振、大便偏溏时，属于痰浊内蕴，可以用二陈丸和三子养清汤，健脾、化痰燥湿进行治疗，如果是咳嗽咳黄黏痰，痰黏稠不容易咳出来，伴有胸高胁胀、小便黄、大便干、舌红、苔黄腻，属于痰热内蕴引起来的咳嗽，可以用清金化痰汤进行治疗。