在临床上，甲状腺结节采用微创消融的方法治疗的主要弊端，有以下几点：

第一、高温加热会造成喉返神经的损伤，从而导致患者会出现声音嘶哑、吞咽困难。

第二、局部高温会引起甲状旁腺的损伤，或者造成甲状旁腺的血供受到损伤，患者会造成术后低钙性抽搐，需要终身服用钙剂。

第三、甲状腺结节若为恶性，消融手术无法清除颈部的淋巴结转移，可以造成肿瘤细胞的残留，导致消融术后复发或者是转移。

第四、局部消融会造成局部的水肿、感染。如果病人配合不好，肿瘤较大，消融无法完全消除这个结节，也容易造成术后的复发。而且局部消融，高温也会导致甲状腺本身功能减退，和手术一样需要终身服用甲状腺素来改善甲状腺功能减退的症状。

消融术后很容易出现局部感染，导致甲状腺脓肿，需要抗感染或切开引流。此外局部血管高温烧穿以后，会出现大出血，这时候需要急诊开放手术来止血治疗。