注射用伏立康唑为三唑类抗真菌药物，其最常见的不良反应即副作用，包括视觉损害、发热、皮疹、呕吐、恶心、腹泻、头痛、外周水肿、肝功能异常、呼吸窘迫和腹痛等。
一般与治疗有关，导致停药的最常见的副作用包括肝功能实验值增高、皮疹和视觉障碍，其视觉的损害很常见，包括视力模糊、畏光、绿视症、色视症、色盲、蓝视症、眼部疾病、目晕、夜盲、振动幻觉、闪光幻觉、视力下降、视野缺损、玻璃体漂浮物等，但视觉损害是一过性的，可以完全恢复。
伏立康唑的皮肤反应也很常见，但一般皮疹表现为轻到中度，如果皮损严重的话要停止使用药物。肝功能检查异常往往与血药浓度较高或剂量较高有关，大多数的不需要调整剂量可慢慢恢复，或者调整剂量后可恢复，有的停药以后也可以恢复。
少数患者静滴过程中可能会出现过敏反应，主要有潮红、发热、出汗、心动过速、胸闷、呼吸困难、晕厥、恶心等。一般症状是在开始静滴时出现，由于疗效和副作用与血药浓度相关，所以建议在使用过程中定期监测伏立康唑的血药浓度。
