流行性乙型脑炎的传播途径主要通过蚊叮咬传播。库蚊、伊蚊和按蚊都能传播本病，而三带喙库蚊是主要的传播媒介。

三带喙库蚊在我国分布广泛，是重要的蚊种之一，对人畜危害大。乙脑是人兽共患的自然疫源性疾病，人与许多动物都可以成为本病的传染源。

人被乙脑病毒感染后，可以出现短暂的病毒血症，但病毒数量少、且持续时间短，所以人不是本病的主要传染源。动物中的家畜、家禽和鸟类均可以感染乙脑病毒，特别是猪的感染率高。

仔猪经过一个流行季节几乎100%受到感染，感染后血中病毒数量多，病毒血症时间长，加上猪的饲养面广，更新率快，因此猪是本病的主要传染源。

病毒通常在蚊-猪-蚊等动物间循环。人对乙脑病毒普遍易感，感染后多数呈隐性感染，显性与隐性感染之比为1:300。感染后可以获得较持久的免疫力，病例主要集中在10岁以下的儿童群体中。