细菌性痢疾急性期可给予一般治疗，消化道隔离至临床症状消失。
对于粪便培养连续两次阴性，多血症严重者必须卧床休息，饮食以流质为主，忌食生冷油腻及刺激性食物。
患者可以给予抗菌药物治疗，新型菌痢患者可不用抗菌药物，严重病例则需要应用抗生素。
常用的药物有喹诺酮类抗生素，抗菌谱广，口服吸收好不良反应小，耐药菌株相对较少，可作为首选，但是儿童孕妇以及哺乳期妇女不建议使用。黄连素可以减少肠道分泌的作用，在使用抗生素的同时可以加用。
患者只要有水和电解质丢失均用口服补液，对于严重者随诊，才会考虑静脉补液，然后尽快改为口服补液。高热者可给予物理降温，可适当使用退热药，毒血症状严重者可以小剂量应用糖皮质激素。
对于慢性菌痢，一般慢性菌痢病因复杂，可采用全身和局部治疗相结合的原则，注意生活规律，及时进食易消化吸收的食物，食用生冷硬辛辣刺激以及油腻的食物。
患者应积极地治疗慢性消化道疾病或者是肠道寄生虫，以及菌群失调引起的慢性腹泻，也可以应用益生菌来进行治疗。
