眼睛真菌感染常使用局部药物治疗，局部可以使用抗真菌的药物，主要包括多烯类，例如取码霉素、两性霉素B、那他霉素眼药水等；咪唑类药物例如氟康唑；嘧啶类，目前两性霉素B和那他霉素眼药水是常用的抗真菌眼药。

一般根据临床特征和角膜刮片结果确诊为真菌感染，即可以开始药物治疗。根据真菌培养结果可以进行进一步的调整用药，丝状真菌应该首选那他霉素、伏立康唑等药物；酵母菌首选两性霉素B、那他霉素等。感染明显控制后，可以逐渐减少药物使用次数。

如果患者病情较重，可以增加其他给药方式，例如可以结膜下注射，也可以全身使用抗真菌药物静脉滴注或者口服抗真菌药物。同时仔细观察眼部的临床特征，评估疗效。对于并发虹膜睫状体炎的患者，可以使用阿托品扩瞳来减缓炎症反应。但是眼部真菌感染，不宜使用糖皮质激素药物治疗。