肾结石引起的肾萎缩，需要听从医生建议及时通过药物治疗或手术治疗等方式进行治疗，以免影响体内代谢产物正常排出，对机体健康造成不良影响。

1、药物治疗：肾结石多因机体代谢异常，尿中钙、草酸等浓度升高所致，或者尿路梗阻、尿路感染诱发结石形成所致，可能会因为肾结石造成输尿管阻塞，患者肾脏由于长期积水会出现肾间质纤维化，从而引起肾萎缩。如果结石比较小，可以遵医嘱应用排石颗粒、盐酸坦索罗辛缓释胶囊等药物进行治疗，促使结石排出；

2、手术治疗：但若结石较大，还应及时通过体外冲击波碎石术、经皮肾镜碎石术等手术进行治疗。并进行肾功能检查，如患侧肾无功能，则需要行萎缩肾切除。

在治疗期间，应多喝水、多排尿，保持清淡饮食，注意休息，帮助身体尽快恢复。