单纯疱疹病毒感染需要与脓疱疮、梅毒、手足口病进行鉴别。
1、脓疱疮：脓疱疮与疱疹都会引起局部皮肤或黏膜组织出现有皮损、溃疡、红晕等病症表现，脓疱疮是由细菌感染所引起，疱疹可以由单纯疱疹病毒感染引起。可通过血液检测鉴别诊断。
2、梅毒：生殖器疱疹与梅毒都是常见的性传播疾病，患者发病时，引起生殖器皮肤黏膜出现症状体征，梅毒患者体表症状多表现为硬下疳，生殖器疱疹则多为多发性水疱疹。
3、手足口病：手足口病与口腔疱疹都常发生于婴幼童群体中，但是手足口病患者口、手、脚等身体多处都会存在有多发性红疹特点，而口腔疱疹一般只发病于口腔部位。通过细菌培养、核酸及血清抗体的检测分析，可以对致病病原体进行鉴别诊断。
