磨牙症的病因是牙齿咬合因素、神经因素、精神心理因素、全身因素、遗传因素。

1、牙齿咬合因素：磨牙症的主要因素为咬合关系不协调，包括错牙合、缺牙、牙齿缺损或过长、单侧咀嚼等。尤其是在换牙期，大部分儿童由于咬合关系不协调，上下牙齿不能很好地吻合，导致患者经常下意识地让牙齿紧密接触，从而在熟睡中夜间磨牙，在白天咀嚼肌痉挛而紧咬牙。

2、神经因素：研究认为夜间磨牙症是睡眠障碍中的一种表现，中枢神经系统和神经化学检查，出现磨牙症时中枢神经系统信息传递介质多巴胺、去甲肾上腺素有异常改变。

3、精神心理因素：情绪紧张、过度疲劳、思想有压力或儿童白天玩得过于兴奋等精神紧张因素，导致儿童入睡后虽然大脑皮质一部分处于兴奋状态，致使咀嚼肌收缩而发生磨牙。

4、全身因素：当儿童积食、消化不良，使胃肠道内的细菌所分泌的毒素吸收后刺激到大脑皮层，使其兴奋或抑制过程失调，造成夜磨牙。肠道寄生虫感染、胃肠功能素乱、内分泌不平衡、维生素D缺乏性佝偻病、膀胱应激症等都有可能引起磨牙症。

5、遗传因素：儿童期磨牙症往往持续存在，研究表明有一定的遗传因素，不可忽视。