口腔扁平苔藓需要与盘状红斑狼疮、口腔白斑病、口腔红斑病、多形性红斑、黏膜天疱疮、类天疱疮、剥脱性龈炎以及迷脂症等疾病相鉴别。

1、盘状红斑狼疮：本病皮肤损害多发生在头面部，耳廓等。颧部可有“蝴蝶斑”。病损呈圆形或椭圆形红斑，中央凹下，毛囊孔扩张，鳞屑覆盖，有时鳞屑底面有角质栓。口腔黏膜损害呈圆形或椭圆形红斑或糜烂。中央萎缩变薄，四周有放射状细短白纹。唇红部病损往往超过唇红缘。病理检查对鉴别有重要意义。

2、口腔白斑病：舌背部的扁平苔藓灰白而透蓝色。病损局限于少数几个舌乳头。舌部的白斑为白色或白垩色的斑块。粗糙稍硬，有时有沟纹或纵裂。病理检查对鉴别有重要意义。

3、口腔红斑病：口腔红斑病的间杂型红斑会在红斑的基础上有散在的白色斑点，常常需依靠病理检查确诊。

4、多形性红斑：起疱的扁平苔藓有时与多形性红斑相似。但多形性红斑以唇红大面积糜烂，并覆有厚血痂为特点，往往伴有发热等急性过程。多形性红斑皮肤还会出现红斑，红斑中央有小水疱，外观类似“虹膜”或“靶环”。

5、黏膜天疱疮、类天疱疮、剥脱性龈炎：天疱疮尼氏征阳性。类天疱疮上皮完整。有上皮下疱形成，免疫荧光可鉴别。剥脱性龈炎牙龈充血水肿发亮，上皮剥脱糜烂出血，轻微触及有明显疼痛。病理检查可以鉴别。

6、迷脂症：属于皮脂腺的异位与错生，唇颊侧黏膜多见。黏膜上有散在或成簇的粟粒大小的淡黄色或黄白色的斑疹或丘疹。表面光滑，触之柔软，一般无自觉症状。病理检查可以鉴别。