复发性口腔阿弗他溃疡需要与白塞病、创伤性溃疡、恶性溃疡、结核性溃疡、疱疹性口炎相鉴别。

1、白塞病：除口腔发生溃疡外，眼睛可有虹膜睫状体炎、前房积脓、脉络膜炎、结膜炎、角膜炎、视神经乳头炎、视神经萎缩等病变，甚至可导致失明。生殖器病损，一般间歇期较口腔溃疡大，也有同时出现肛门直肠损害的情况。皮肤损害较常见表现为结节性红斑、毛囊炎及针刺反应阳性。可通过病理检查、实验室检查等鉴别。

2、创伤性溃疡：溃疡的形态常与慢性机械损伤因子基本契合，周围有炎症性增生反应，黏膜发白，除去创伤因子后损害可逐渐好转。可通过体格检查、实验室检查等鉴别。 3、恶性溃疡：溃疡深大，病变进展迅速，基底有细颗粒状突起，似菜花状，边缘隆起，扪诊基底有硬结，边缘部位比结核损害更硬，相应的淋巴结坚硬、黏连。可通过体格检查、实验室检查、病理检查等鉴别。 4、结核性溃疡：常见于舌部，为慢性持久性溃疡。通常溃疡边界清楚或呈线形，表现为浅表、微凹而平坦的溃疡，其底覆有少许脓性渗出物，除去渗出物后，可见暗红色的桑葚样肉芽肿。溃疡边缘微隆，呈鼠啮状，并向中央卷曲，形成潜掘状边缘。可通过体格检查、实验室检查、病理检查等鉴别。

5、疱疹性口炎：多发生在儿童，溃疡数目多且较小，有的仅针尖大，融合时溃疡增大呈多环状，患者疼痛难忍，唾液增多。可通过体格检查、实验室检查等鉴别。